Si vous souhaitez cependant réserver un siège, vous pouvez vous rendre aux guichets de réservation des gares, appelés « Midori no Madoguchi » dans le cas des lignes JR. En présentant votre JR Pass, vous pourrez
réserver une place à bord de votre train, sans frais supplémentaires.
Depuis juin 2020,
il est possible pour les détenteurs d'un Japan Rail Pass de
réserver gratuitement leurs sièges directement à des distributeurs automatiques dédiés, en plus des guichets JR.
Les sites de réservation en ligne sont généralement en japonais, ce qui rend la chose difficilement faisable pour les non-japonisant.
Le site JR East Shinkansen Reservation offre cependant la possibilité de faire des réservations en ligne en anglais, mais attention, uniquement pour les Shinkansen du réseau JR East, c’est-à-dire les Shinkansen et express limités de Tokyo et de la région Nord, et le Narita Express.
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